Sacsayhuaman figurerade ofta under den spanska erövringen, där ett stort slag ägde rum mellan conquistadorerna och befolkningen under det stora upproret år 1536.

Tempelfortet, Sacsayhuaman (som betyder den nöjda falken) beläget precis ovanför Cusco skyddades av tre massiva terrassmurar som reser sig över 20 meter, byggda korslagda för att dela av attackerande styrkor. Inom terrasmurarna fanns tre stora torn, den största med en rektangulär bas, 22 meter lång och fem våningar hög. Den inhyste utan problem över 5 000 soldater och var senare beskriven av spanska historiker som att vara ""too many rooms and towers for one person to visit them all". Sacsahuaman var byggt mer som ett militärt fort - där samtliga invånare i Cuscos stad (som var oskyddade) med enkelhet fick rum i tider av krig.

Dagens moderna Sacsayhuaman är otillräcklig i jämförelse, då det idag bara kvarstår små delar av dess yttre murar samt de tre tornens grunder. Conquistadorerna förstörde medvetet stora delar av detta fort år 1560, men ögonvittnen från den tiden har beskrivit det som ett av världens underverk. En stor sten som återstår från den yttre muren är 8,5 meter hög och uppskattas väga över 360 ton.